Seit 1999 (ARD). Der Bericht aus Bonn existierte bereits seit 1963. Nach dem Regierungsumzug nach Berlin erfolgte zwangsläufig die Umbenennung in Bericht aus Berlin. Zunächst wechselte sich der Bericht aus Berlin noch mit dem aus Bonn ab, ab Juli 1999 bildete er allein die Tagesthemen-Ausgabe am Freitag – wie der Vorgänger als Politmagazin mit Berichten aus der Hauptstadt gegen 22.30 Uhr. Erster Moderator war Ulrich Deppendorf, ab Mai 2002 berichtete Thomas Roth bis Ende 2007 als neuer Leiter des Hauptstadtbüros aus Berlin im Wechsel mit Thomas Baumann (bis 2006). Danach wechselte sich wieder Ulrich Deppendorf mit Joachim Wagner ab.

Der Bericht aus Berlin war ein Sorgenkind der ARD: Sein Bedeutungs- und Quotenverlust schien unaufhaltbar zu sein. Er erreichte deutlich weniger Zuschauer als die Tagesthemen an anderen Wochentagen. Ab September 2004 lief die Sendung deshalb wieder, ähnlich wie schon der Bericht aus Bonn von 1978 bis 1999, unter dem Dach der Tagesthemen. Sie gab auch ihre eigenständige Studiogestaltung weitgehend auf und bot mehr Raum für aktuelle Themen – selbst wenn sie nicht aus Berlin kamen. Für die Zukunft kündigte die ARD einen Sendeplatzwechsel auf den Sonntag gegen 19.00 Uhr an, kurz vor dem ZDF-Gegenstück Berlin direkt.